Kiriku juhtimisel ja oluliste kirikuelu küsimuste käsitlemisel, samuti kiriku õpetuslike seisukohtade kujundamisel on peapiiskopile abiks piiskoplik nõukogu, mille liikmed on peapiiskop, piiskopid, praostkondade praostid, peapiiskopi poolt kirikukogusse nimetatud kaks kaplanaatide esindajat ning kaks Vaimulike konverentsi poolt kirikukogusse valitud liiget. Peapiiskop emeeritus ja piiskop emeeritus võivad piiskopliku nõukogu koosolekust osa võtta hääleõigusega. Piiskopliku nõukogu võimkonda kuulub õpetusse ja liturgiasse puutuvate otsuste vastuvõtmine, soovituste andmine konsistooriumile ja teistele kiriku organitele kirikuelu paremaks juhtimiseks ja korraldamiseks ning usu ja kõlbluse alal tekkivate vaidluste lahendamine.
Piiskopliku nõukogu koosseis:
- Urmas VIILMA, peapiiskop
- Ove SANDER, piiskop
- Marko TIITUS, piiskop
- Anti TOPLAAN, piiskop
- Andrus MÕTTUS, kantsler
- Mattias HAAMER, assessor
- Tanel OTS, Ida-Harju praostkonna praost
- Katrin-Helena MELDER, assessor, Järva praostkonna praost
- Toomas NIGOLA, assessor, Pärnu praostkonna praost
- Kaido SAAK, Lääne praostkonna praost
- Jüri VALLSALU, Lääne-Harju praostkonna praost
- Rene REINSOO, Saarte praostkonna praost
- Jaak AUS, Tallinna praostkonna praost
- Kristjan LUHAMETS, Tartu praostkonna praost
- Mart JAANSON, Valga praostkonna praost
- Hedi VILUMAA, Viljandi praostkonna praost
- Tauno TOOMPUU, Viru praostkonna praost
- Üllar SALUMETS, Võru praostkonna praost
- Marek ROOTS, Vaimulike konverentsi esindaja
- Kaido SOOM, Vaimulike konverentsi esindaja
- Tarmo LINNAS, kaplanaatide esindaja
- Valdo LUST, kaplanaatide esindaja
Hääleõiguslikud osavõtjad:
- Andres PÕDER, peapiiskop emeeritus
- Einar SOONE, piiskop emeeritus
- Joel LUHAMETS, piiskop emeeritus
- Tiit SALUMÄE, piiskop emeeritus
