Kirikukogu
EELK kõrgeim seadusandlik ja korraldav organ on kirikukogu, kuhu ameti poolest kuuluvad peapiiskop, piiskop, kantsler, assessorid ja praostid ning lisaks neile veel igast praostkonnast kolm selle praostkonna sinodi poolt valitud esindajat. Kirikukogu valitakse neljaks aastaks ja selle kutsub kokku peapiiskop vähemalt kaks korda aastas.
Konsistoorium
Konsistoorium on Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku valitsus, mille ülesandeks on kirikukogu otsuste täideviimine ja kiriku igapäevase töö juhtimine. Konsistooriumi moodustavad peapiiskop, piiskopid, kantsler ja kaks kuni neli assessorit. Kantsleri ja assessorid valib kirikukogu neljaks aastaks ning igale assessorile annab peapiiskop juhtida ühe või mitu tegevusala. Konsistoorium töötab Toompeal, Toomkiriku vastas asuvas nn piiskopimajas, mille ehituslugu ulatub tagasi 17. sajandi lõpukümnendeisse.
Piiskoplik nõukogu
Kiriku juhtimisel ja oluliste kirikuelu küsimuste käsitlemisel, samuti kiriku õpetuslike seisukohtade kujundamisel on peapiiskopile abiks piiskoplik nõukogu, mille liikmed on peapiiskop, piiskopid, praostkondade praostid, peapiiskopi poolt kirikukogusse nimetatud kaks kaplanaatide esindajat ning kaks Vaimulike konverentsi poolt kirikukogusse valitud liiget. Peapiiskop emeeritus ja piiskop emeeritus võivad piiskopliku nõukogu koosolekust osa võtta hääleõigusega. Piiskopliku nõukogu võimkonda kuulub õpetusse ja liturgiasse puutuvate otsuste vastuvõtmine, soovituste andmine konsistooriumile ja teistele kiriku organitele kirikuelu paremaks juhtimiseks ja korraldamiseks ning usu ja kõlbluse alal tekkivate vaidluste lahendamine.
Vaimulike konverents
Vaimulike konverentsi liikmed on EELK vaimulikud. Vaimulike konverentsi võimkonda kuulub õpetuse aluste muutmine, liturgia käsiraamatu ja õpetusliku sisuga oikumeeniliste kokkulepete heakskiitmine enne küsimuse otsustamist piiskoplikus nõukogus või kirikukogus.
Praostkonna sinod
EELK kogudused on Kodu-Eestis koondunud kaheteistkümneks ning Välis-Eesti piiskopkonnas viieks praostkonnaks, mida juhivad praostid. Praosti valib neljaks aastaks ametisse praostkonna esinduskogu ehk sinod ning valitud praosti kinnitab ametisse konsistoorium.
Praostkonna sinodi valitavad liikmed on iga koguduse nõukogu poolt enda liikmete hulgast neljaks aastaks valitud kaks ilmikliiget. Ameti poolest on sinodi liikmed praost, praostkonna koguduste õpetajad, abiõpetajad, diakonid ja praosti alluvuses töötavad vikaarvaimulikud. Peapiiskopil, piiskopil või nende esindajal on samuti õigus sinodi koosolekust hääleõigusega osa võtta.
Koguduse nõukogu ja juhatus
Koguduse juhtimisel on vaimulikele abiks koguduse juhtorganid. Iga nelja aasta järel valib koguduse täiskogu enda hulgast strateegilisemat laadi küsimuste otsustamiseks koguduse nõukogu. Nõukokku kuulub 7-30 valitavat liiget. Ameti poolest kuuluvad nõukogusse koguduse õpetaja ja abiõpetaja.
Nõukogu omakorda valib koguduse igapäevase töö juhtimiseks juhatuse. Juhatuse esimees on paljudes kogudustes õpetaja kõige lähem kaastööline, kes aitab korraldada nii vaimulikku elu puudutavaid küsimusi, kui ka majanduseluga seonduvat.
