Põhiosa konsistooriumi arhiivist moodustab EELK juhtorganite tegevuse käigus tekkinud arhiivivara: konsistooriumi, kirikukogu, vaimulike konverentsi, erinevate nõukogude ja komisjonide kirjavahetus ning protokollid, konsistooriumi kirjavahetus koguduste, praostkondade, kiriku asutustega, kirikute ja kiriklike organisatsioonidega välismaal, vaimulike ning köstrite-organistide isikutoimikud jms. Kuigi arhiivi põhiosa algab 1920. aastatega, leidub arhiivis säilikuid ka varasematest sajanditest.
Arhiivi on antud ka koguduste, praostkondade, kiriklike organisatsioonide ja asutuste arhiive või nende osi, samuti on siia hoiule toodud vaimulike ja teiste kirikuga seotud isikute ja nende perekondade arhiive. 1930. aastatel jõudis siia näiteks Tallinna toomvaestekooli ja -maja arhiiv, baltisakslaste ümberasumise tõttu anti konsistooriumile üle EELK Saksa praostkonna ja ühes sellega Eestis tegutsenud saksa koguduste arhiive. Samuti säilitab arhiiv mitmesuguste kiriklike asutuste, abi- ja toetuskassade, seltside ja ühingute arhiive.
Rahvuskaaslaste programmi arhiiviprojektide konkursi toel on siia jõudnud väliseesti koguduste ja praostkondade arhiive ning väliseesti vaimulike isikuarhiive, mh väliseesti kiriku konsistooriumi arhiiv Torontost.
Konsistooriumi arhiivi kogud AIS-is »
KONSISTOORIUMI ARHIIVIS ASUVAD TEISTE ARHIIVIMOODUSTAJATE KORRASTAMIST VAJAVAD ARHIIVIFONDID
Arhiivimoodustaja / Piiraastad
Kiriku asutused
Ajaleht Eesti Kirik 1924-1940
EELK Kirikumuusika Sekretariaat 1931-1940
EELK Noorsootöö Toimkond 1929-1940
EELK Pühapäevakooliühendus 1989-2009
EELK Sotsiaaltöö Keskus 1937-1940
EELK Usuteaduse Instituut 1940-1991
Praostkonnad
Ida-Harju praostkond
Lääne-Harju praostkond
Kogudused
Keila Miikaeli kogudus
Kodavere-Alatskivi kogudus
Kunda kogudus 1904-1971
Laiuse Püha Jüri kogudus 1908-1917
Narva Jaani kogudus 1878-1885
Palamuse Püha Bartholomeuse kogudus 1911-1967
Pilistvere Andrease kogudus 1835-1945
Rannamõisa kogudus 1928-1970
Rannu Püha Martini kogudus
Tallinna Jaani kogudus alates 1875
Tallinna Püha Neitsi Maarja Piiskoplik Toomkogudus alates 1926
Viru-Jakobi kogudus
Ühingud ja seltsid
Tallinna Diakonisside Selts
EELK Sisemisjoni seltsi Kuressaare osakond 1927-1934
Saaremaa vangide hooldamise selts 1927-1934
Tarvastu vennastekogudus
Isiku- ja perekonnafondid
Sigfried Aaslava (1899-1957) – TÜ usuteaduskonna õppejõud, dekaan
Jaan Bergmann (1856 -1916) – vaimulik 1897-1914
Bruno Ederma (Ederberg) (1900-1976) – vaimulik 1923-1938
Anton Eilart (1892 -1972) – vaimulik 1909-1911
Edgar Hark (1908-1987) – vaimulik, peapiiskop 1912-1987
August Ferdinand Huhn (1807-1871) – Tallinna Toomkooli õpetaja, Oleviste koguduse diakon 1818-1872
Voldemar Ilja (1922 -2010) – vaimulik
Ferdinand Jakob Jürgenson (1892-1960) – vaimulik 1937-1960
Robert Kannukene (1910-1992) – vaimulik
Jaan Kiivit sen (1906-1971) – vaimulik, peapiiskop
Rudolf Kiviranna (Steinmann) (1912-1994) – vaimulik 1961-1974
Jakob Kukk (1870-1933) – vaimulik, piiskop 1921-1930
Ado Köögardal (1891-1957) – vaimulik 1945-1950
Eduard Kägi (1899-1997) – E.E.L.K. vaimulik
Emilie Saag-Karjus (1917-1995) – laulja, hääleseadja, pedagoog
Kurt Saarse (Steinberg) (1909-1942) – vaimulik 1939
Elmar Salumaa (Teppan) (1908-1996) – vaimulik 1960-1970
Johannes Sillak – vaimulik
Albert Soosaar (1906-1995) – vaimulik 1946-1988
Eduard Tennmann (1878-1936) – vaimulik 1909-1918
Max Vaher (1897-1981) – vaimulik 1962-1975
Jaak Valk (1867-1952) – vaimulik 1930-ndad
Konrad Veem (Vehm) (1914-1996) – E.E.L.K. peapiiskop
Ago Viljari (Ferdinand Krillo) (1910-1989) – vaimulik, UI õppejõud
Julius Voolaid (1900-1966) – vaimulik 1950. aastad
KOLLEKTSIOONID
Laululehtede ja pisitrükiste kollektsioon
Pitsatite kollektsioon
Fotokogu
Fono- ja videokogu
Vanade raamatute kogu 1535-1800