Pühapäevakoolid tegutsevad suuremas osas Eestimaa kogudustes. Pühapäevakooli õpetajateks on tavaliselt aktiivsed koguduseliikmed, kes on saanud vastava koolituse ja teevad seda tööd armastustööna. Vastavalt kohalikele võimalustele ja tavadele võivad tunnid toimuda ka nädala teistel päevadel. Maal püütakse pühapäevakooli korraldada ka kirikust kaugemal olevates külades, kas koolimajas või kellegi kodus, et lastel oleks hõlpsam kohale tulla.