Eestimaa
Kuningas Erik XIV kinnitas 1565. aasta mais esimeseks Liivimaa (Eestimaa) luterlikuks ordinaariuseks (ordinarius – valitsev piiskop) baltisakslasest Johannes Robertus von Gelderni, kellest sai esimene Uppsalas ordineeritud Eestimaa piiskop. Piiskopitool jäi pärast Gelderni surma perioodiks 1572–1582 vakantseks. Põhjus oli Saksa rüütelkonna ja Rootsi valitsuse tülis selle üle, kuidas oleks pidanud toimuma uue piiskopi ametissenimetamine ning kuningas Johan III tollased reformkatoliiklikud kirikupoliitilised kavatsused. Alles 1583. aastal täideti ka Tallinna piiskopitool, millele asus soomlane Christian Agricola. Västeråsi piiskop Johannes Rudbeckius viis 1627. aasta augustis läbi esimese provintsiaalsinodi ja jagas Eestimaa kuueks praostkonnaks. Tallinna kapituleerumisaktiga 29.9.1710 anti Tallinna linnale selle varasem episkopaalõigus. Eestimaa provintsiaalkonsistoorium organiseeriti 15.3.1715 ja kuni 1833. aastani juhtisid Eestimaa kiriklikku elu selle konsistooriumi esimesed assessorid ehk Tallinna Rüütli- ja Toomkiriku ülemvaimulikud. Eestimaa rüütelkond soovis endale kiriku suhtes ka kõiki neid õigusi, mis olid olnud varem Rootsi kuningal Eestimaa kiriku suhtes. Vastupidiselt vaimulikkonna soovidele nõudis rüütelkond ka piiskopiameti kaotamist ja konsistooriumi esimeheks maanõuniku määramist. Tüli kestis 1743. aastani, mil senat otsustas asja rüütelkonna kasuks.
Saaremaa
Taani reformaatori Johannes Bugenhageni eestvedamisel koostatud Taani luterlik kirikuseadus (Ordinatio ecclesiastica, 1537) hakkas Saaremaal kehtima 1562. aastal. Selle kirikuseaduse järgi oli kiriku peaks kuningas, kirikuseadus ei tundnud konsistoriaalset korda ja piiskopid kandsid superintendendi nimetust, olles selliselt lihtsalt kuninga kiriklikud administraatorid. Brömsebros 1645. aastal sõlmitud rahulepingu järgi allutati kirikuelu Tallinna ja Eestimaa piiskopile. Krahv Magnus Gabriel De la Gardie korraldusel koostati Saaremaa jaoks uus kiriku- ja konsistoriaalseadus, mis andis krahv De la Gardiele superintendendi ametissenimetamise õiguse. Seadusele kirjutasid neli komissari alla 10.7.1650 ja kuninganna Kristiina poolt 25. novembril dateeritud donatsioonikirjaga anti Saaremaa superintendendi ametissenimetamise õigus krahv De la Gardiele. Saaremaa konsistoorium likvideeriti ja kiriklik elu allutati 13.2.1890 Liivimaa konsistooriumile. Sellega lõppes 13. sajandil alanud Saaremaa iseseisva kirikliku territooriumi ajalugu.
Liivimaa
Selleks et Eesti- ja Liivimaal läbi viia kiriku tsentralisatsiooni, ei nimetanud kuningas Gustav II Adolf 1622. aastal Liivimaal ametisse mitte enam piiskoppi, vaid nimetas superintendendi. 1633. aasta 18. veebruaril Saksa segakonsistooriumi eeskujul asutatud Liivimaa ülemkonsistoorium pidas alguses oma istungeid vaheldumisi nii Tartus kui ka Riias. Pärast Põhjasõda alustas ülemkonsistoorium uuesti oma tegevust 1711. aastal, aga ilma ülemsuperintendendita. Liivimaa rüütelkond kutsus sellele kohale Narva vaimuliku Heinrich Bruiningki. Liivimaa ülemsuperintentuuri ajaloos püsis see ametikoht kaks aastat (1777–1779) vakantne, sest Peterburis vaidlustati rüütelkonna õigus Liivimaa ülemsuperintendenti ametisse esitada. Keiser Nikolai I allkirjastatud Venemaa uue kirikuseadusega (28.12.1832) jagati kirik Venemaal konsistoriaalringkondadesse. Seadusega likvideeriti senine luterlike maakirikute struktuur, kirik suruti riigikiriku raamidesse ning kiriku juhtimisorganiks sai Peterburi ülemkonsistoorium, mida juhtis esimehena mittevaimulik ja aseesimehena vaimulik. Luterlik kirik läks riikliku keskvõimu kontrolli alla. Kiriklik administratiivne jaotus ei arvestanud etniliste piiridega. Põhja-Liivimaa eestlaste etnilised kogudused ühendati kiriklikult Eestimaaga alles 18.2.1919. Esimene Liivi- ja Eestimaa vaimulike ühine sinod peeti 13.–15.9.1919 Tallinnas.
