30.–31. märtsil 1943 toimunud 9. kirikukogul viidi läbi EELK põhimääruste muutmine ja kirikus seati sisse vikaarpiiskopi ametikoht. 1943. aasta 4. novembril toimunud erakorralisel 11. kirikukogul valiti vikaarpiiskopiks endine Lõuna vikaarkonna piiskoplik vikaar Johannes Oskar Lauri, kes asus vikaarpiiskopi ametikohuseid täitma 23. novembrist. Endine piiskoplike vikaaride amet lõpetati kirikus 30.10.1943. Eesti Omavalitsuse Juht tegi 14.3.1944 kirikule ettepaneku muuta kiriku uuendatud põhimäärusi nii, et piiskopi ametinimetus oleks muutunud peapiiskopiks ja vikaarpiiskopil piiskopiks. Ettepaneku hindamiseks moodustati 27. aprillil spetsiaalne komisjon, mis ei jõudnud ettepanekut formuleerida.
Pärast EELK Konsistooriumi ajutist oma tegevuse katkestamist 19. septembril 1944 jagunes kirik kodu- ja pagulas- ehk Välis-Eesti kirikuks. Uue piiskopi valimine nõukogude Eesti luterlikule kirikule tõusis esimest korda esile konsistooriumi täiskogu koosolekul 3. mail 1946, mil tunnistati vajadust valimised läbi viia enne augustit. Enne seda tuli ajakohastada kiriku põhimäärused ja esitada uuendatud kujul kirikukogu koosolekule kinnitamiseks hiljemalt 1. juuliks 1946. Nimetatud ajaks muudatusi valmis ei saadud. Kirikukogu koosolek kavandati pidada hiljemalt 1947. aasta 12. juuniks, kui riigiorganid selleks loa annavad, aga päevakorras ei olnud enam ette nähtud piiskopi valimist, vaid põhimääruste muutmise küsimus. 17. novembril 1947 otsustati parandatud kujul põhimäärused tõlkida vene keelde ja saata Usukultusasjade Nõukogule, et saada luba ka kirikukogu kokkukutsumiseks ja põhimääruste vastuvõtmiseks.
Piiskopi asetäitja August Pähn tegi 2. veebruaril 1949 ettepaneku määrata oma asendajaks vikaarpiiskopi ülesannetes Jaan Kiiviti, kes Pähna arreteerimise tõttu 12. aprillil kinnitati 20. aprillil piiskopi asetäitjaks ja piiskopi asetäitja asendajaks vikaarpiiskopi ülesannetes assessor Georg Klaus. 2. juunil 1949 kinnitas konsistooriumi täiskogu Eesti NSV Evangeeliumi Luteriusu Kiriku põhikirja täienduste kava, milles oli riigivõimu soovil ja ilmselgelt poliitilistel põhjustel ette nähtud ka peapiiskopiameti sisseseadmine kirikus. 23.–24. oktoobril toimunud „rajava iseloomuga“ 13. kirikukogul valiti Jaan Kiivit peapiiskopiks. Kiivit astus 23. oktoobril peapiiskopi ametikohustesse.
Toonitamaks väliskirikute ja EELK ees oma tegelikku õigusjärglust, eriti seda, et Välis-Eesti kirik ei allunud annekteeritud kodumaa EELK-le, nimetati umbes 32 300 liikmelise E.E.L.K ametisseordineerimata piiskop Kõpp 1957. aasta alguses peapiiskopiks ja vikaarpiiskop Johannes Oskar Lauri piiskopiks.
Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku esivaimulikud okupatsioonide ajal
KODUMAAL
piiskopid
XII 1939 – IX 1944 Johan Kõpp (1874–1970)
vikaarpiiskop
XI 1943 – IX 1944 Johannes Oskar Lauri (1891–1974)
peapiiskopid
X 1949 – X 1967 Jaan Kiivit sen. (1906–1971)
VI 1968 – X 1977 Alfred Tooming (1907–1977)
X 1978 – VI 1986 Edgar Hark (1908–1986)
XI 1987 – VI 1994 Kuno Pajula (1924–2012)
VÄLIS-EESTIS
piiskop
IX 1944 – I 1957 Johan Kõpp (1874–1970)
vikaarpiiskop
IX 1944 – I 1957 Johannes Oskar Lauri (1891–1974)
piiskopid
I 1957 – V 1964 Johannes Oskar Lauri (1891–1974)
III 1977 – VI 1992 Karl Raudsepp (1908–1992) Põhja-Ameerika piiskop
peapiiskopid
I 1957 – V 1964 Johan Kõpp (1874-1970)
XI 1964 – XII 1971 Johannes Oskar Lauri (1891–1974)
VII 1972 – IX 1990 Konrad Veem (1914–1996)
XII 1990 – V 2006 Udo Petersoo (1934–2006)
