Idee piiskopkondadest tõusis uuesti 1995. aasta peapiiskopivalimiste eel. Piiskopkondade loomise mõtet toetas piiskop Einar Soone, aga peapiiskopiks valiti napi häälteenamusega senist struktuuri pooldanud Jaan Kiivit noorem. 2004. aasta põhikirjast alates on peapiiskopi kirik ehk katedraalkirik Tallinna toomkirik.
25. ja 26. novembril 2014 toimunud EELK Kirikukogul valiti viie kandidaadi seast teises voorus peapiiskopiks Urmas Viilma. Piiskop Einar Soone pühitses koos peapiiskop emeeritus Andres Põderi ja piiskop Andres Tauliga Urmas Viilma peapiiskopiks 2. veebruaril 2015.
13. jaanuaril 2015 otsustas EELK erakorraline Kirikukogu valida loodavatele piiskopkondadele kaks uut piiskoppi.
2010. aastal, kui ühinesid II maailmasõja tagajärjel tekkinud kodumaa ja Välis- Eesti kirik (E.E.L.K.), sai EELK endale loomuliku osana juurde Välis-Eesti piiskopkonna.
2023. aastal otsustas EELK Kirikukogu valida ametisse kolm uut piiskoppi ning 2024. aasta aprillis otsustati moodustada ka neli piiskopkonda.
EELK piiskopid ja peapiiskopid
KODUMAAL
peapiiskopid
XI 1987 – VI 1994 Kuno Pajula (1924–2012)
X 1994 – XI 2004 Jaan Kiivit junior (1940–2005)
II 2005 – XI 2014 Andres Põder (1949)
II 2015 – Urmas Viilma (1973)
piiskopid
XII 1992 – VII 2017 Einar Soone (1947)
I 2015 – XII 2023 Tiit Salumäe (1951)
I 2015 – III 2024 Joel Luhamets (1952)
III 2024 – Ove Sander
III 2024 – Marko Tiitus
III 2024 – Anti Toplaan
VÄLIS-EESTI
piiskopid
III 1977 – VI 1992 Karl Raudsepp (1908–1992) Põhja-Ameerika piiskop
XI 2010 – Andres Taul (1936)
peapiiskopid
XII 1990 – V 2006 Udo Petersoo (1934–2006)
VI 2007 – XI 2010 Andres Taul (1936)
