Piiskopkondade ja piiskopiresidentside rajamine ning toimivate toomkapiitlite funktsioneerimine, oli kindel väline märk sellest, et 13. sajandi alguses oli siirdutud endisel misjoniterritooriumil juba normaalsete, kanoonilisele korrale vastavate struktuurideni.
Lihula (Leal) piiskopkond rajati dokumentaalselt paberil juba 1211. aastal, aga oli oma iseloomult misjonipiiskopkond, mille eesmärgiks oli saada Eestimaa piiskopkonna keskuseks. Lihula misjonipiiskopkond läks 1219. aasta juunis Lundi peapiiskopkonna alluvusse. Piiskopkonna reaalset ellukutsumist takistasid Läänemaa kristianiseerimatus ja Saksa-Taani vastuolud. Pärast seda, kui piiskopkond arvati 1224. aastal Riia piiskopkonna osaks ja piiskop Hermann I paigutas piiskopitooli ümber Lihulast Otepääle (Odenpäh) ning 1235. Aastal Tartusse (Dorpat), lõppesid ka Eestimaa piiskopkonna loomise kavad.
Tartu piiskopkonna rajamist 1234. aastal alustanud Hermann I hakkas oma piiskopkonnas resideerima alles pärast seda, kui piiskopitool 1235. aastal Tartusse siirdati. Hermann jäi Riia piiskopi sufragaaniks (suffragium), ja aastatel 1255 kuni 1263 hoolitses Tartu piiskopitooli eest Riia peapiiskop. Katedraali hakati rajama u 1263. aastal. Pärast Tartu kapituleerumist 1558. aastal lakkas Tartu piiskopkond eksisteerimast.
Tallinna (Rävala) piiskopkond rajati formaalselt juba 1219. aastal, kuid sai oma lõpliku kuju alles 1272. aastal, kui sellega ühendati 1220. aastal asutatud Viru (Wierland) piiskopkond. 1220. aastal Mõõgavendade ordult Viru- ja Järvamaa endale vallutanud Taani andis Lundi peapiiskop Anders Sunesenile õiguse nimetada nendele aladele oma piiskopi. Piiskopid olid Lundi peapiiskopkonna sufragaanid ja seda veel pärast 1346. aastatki, kui Taani kuningas müüs Tallinna Saksa ordule. Tallinna piiskopi diötseesi peakirik, Toomkirik, valmis 1240. aastal ja pühitseti Neitsi Maarjale. Taani kuningas Valdemar II tegi sellest oma siinsete valduste peakiriku (matrix ecclesiae – koguduste esiema). Tallinn ja kogu Põhja-Eesti siirdusid 1561. aasta juunis luterliku Rootsi ülemvõimu alla ja see tähistas ühtlasi ka Tallinna katoliikliku toomkapiitli ja piiskopkonna likvideerimist. Toomkirik allutati aga Rootsi ajal mitte 1629. aastal asutatud Tallinna linnakonsistooriumile ja selle superintendendile, vaid 1638. aastal asutatud Eestimaa konsistooriumile ja piiskopile.
Saare-Lääne (Ösel-Wiek) piiskopkonna kujunemine algab Lihula piiskopkonnast ja moodustati oma piirides 1234. aastal. Piiskopkonna esimeseks residentsiks sai Lihula, 1251. aastal Vana-Pärnu, kust piiskopiresidents viidi 1263. aastal lõplikult Haapsalusse, mille kanoonikute prebendid kinnitati 1272. aastal ja katedraal rajati 1279. aastal. Piiskopkond sai 1345. aastal Kuressaare piiskopilinnusega endale teisegi keskuse. Saare-Lääne katoliikliku piiskopkonna likvideerimine algas pärast seda, kui Saaremaal hakkas 1562. aastal kehtima Taani luterlik kirikuseadus. 1563. aasta augustis likvideerisid rootslased Haapsalu vallutamisega Saare-Lääne katoliikliku toomkapiitli.
Hiliskeskaegsed Tartu ja Saare-Lääne piiskopid olid neile kuuluvate maavalduste ehk stiftide tõttu kirikuvürsti tüüpi piiskopid.
