Kiriku juhtimisel ja oluliste kirikuelu küsimuste käsitlemisel, samuti kiriku õpetuslike seisukohtade kujundamisel on peapiiskopile abiks piiskoplik nõukogu, mille liikmed on peapiiskop, piiskopid, praostkondade praostid, peapiiskopi poolt kirikukogusse nimetatud kaks kaplanaatide esindajat ning kaks Vaimulike konverentsi poolt kirikukogusse valitud liiget. Peapiiskop emeeritus ja piiskop emeeritus võivad piiskopliku nõukogu koosolekust osa võtta hääleõigusega. Piiskopliku nõukogu võimkonda kuulub õpetusse ja liturgiasse puutuvate otsuste vastuvõtmine, soovituste andmine konsistooriumile ja teistele kiriku organitele kirikuelu paremaks juhtimiseks ja korraldamiseks ning usu ja kõlbluse alal tekkivate vaidluste lahendamine.
Piiskopliku nõukogu koosseis:
- Urmas Viilma – peapiiskop
- Joel Luhamets – piiskop
- Tiit Salumäe – piiskop
- Andrus Mõttus – kantsler
- Kadri Põder – assessor
- Margus Kirja – Ida-Harju praostkonna praost
- Katrin-Helena Melder – Järva praostkonna praost
- Kaido Saak – Lääne praostkonna praost
- Jüri Vallsalu – Lääne-Harju praostkonna praost
- Tõnu Taremaa – Pärnu praostkonna praost
- Anti Toplaan – Saarte praostkonna praost
- Jaan Tammsalu – Tallinna praostkonna praost
- Ants Tooming – Tartu praostkonna praost
- Mart Jaanson – Valga praostkonna praost
- Marko Tiitus – Viljandi praostkonna praost
- Tauno Toompuu – Viru praostkonna praost
- Üllar Salumets – Võru praostkonna praost
- Mart Salumäe – Põhja-Ameerika praostkonna praost
- Ingo-Tiit Jaagu – Rootsi praostkonna praost
- Gustav Kutsar – kaplanaatide esindaja
- Valdo Lust – kaplanaatide esindaja
- Kaido Soom – vaimulike konverentsi esindaja
- Randar Tasmuth – vaimulike konverentsi esindaja
- Andres Põder – peapiiskop emeeritus (hääleõigusega)
- Einar Soone – piiskop emeeritus (hääleõigusega)
